Die Pässe bekommt man an den jeweiligen Bahnhöfen. Die Tagespässe muss man nicht vorher bestellen.
Für Nikko z.B.an der Tobu Asakusa Station bei der TOBU Railways für 2.670Yen = 20€ (2 Tage) oder 4.520Y = 35€ (All Nikko Pass). Die Eintrittsgebühr für die Tempel muss am aber extra Zahlen.
www.japan-guide.com/e/e2358_008.html
Nach Hakone/Fuji kommt man am einfachsten ab Shinjuku. Da mit der Odakyu Bahn. Da kostet das 2 Tage Ticket 5.140Y = 40€ (3Tage 5.640Y). Mit dem Ticket kann man dann die Bahn, Seilbahn, Schiff und Bus um den Ashi See benutzen.
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Den großen Japan Rail Pass muss man dagegen vorher im Ausland erwerben und Bezahlen. Den bekommt man in Japan nicht. Da der Pass recht teuer ist (aber meist billiger als die Einzelfahrten), sollte man seine Reiseroute schon mal durchrechnen. So kostet der 7 Tage Pass der einzelne Tag ca. 32€, bei 14 Tage ca. 26€ und bei 21 Tagen ca. 22€. Daher würde sich der 7 Tage Pass für die Fahrt von Tokio über Takayama, Hiroshima (zurück) nach Kyoto/Osaka lohnen und für Tokio und Kyoto/Osaka extra Pässe zu kaufen.
Da ihr aber ca. 3 Wochen vor Ort sein wollt, würde sich auch ein 14 Tage Pass lohnen, wenn ihr noch ein paar entferntere Tagestouren ab Tokio (nach Matsumoto, Matsushima, aber auch Nikko) oder ab Kyoto/Osaka macht.
Gepäck in Japan ist auch kein Problem. Ich versuche immer ein Hotel in Bahnhofsnähe zu nehmen.Da spart man sich dann die Schlepperei oder das Taxi.
Was auch möglich ist, ist der Gepäcktransport von Hotel zu Hotel. Das kostet ca. 10-13€ pro Koffer und man muss nichts schleppen. So kann man z.B. auf dem Weg von Takayama nach Kyoto einen Stopp in Nagoya einlegen, da ihr nur mit Handgepäck unterwegs seit.