Hallo museician,
ich meine das ist ein sehr interessanter Reiseverlauf, ich sehe keine Denkfehler. Da Du Anfang April zur Kirschblüte in Kyoto bist, wirst Du bereits jetzt Schwierigkeiten haben eine Unterkunft zu bekommen. Weiche auf Osaka aus und suche Dir ein Hotel am Bahnhof in Osaka oder ShinOsaka. Es sind circa 30 Minuten Zugfahrt ( ohne Shinkansen, zu teuer wenn Du an diesen Tagen keinen JR RailPass hast ) mit normalen Zügen.
Da Du Kyoto und Nara besuchst, würde ich Kamakura dieses Mal nicht besuchen und dafür nach Hakone gehen. Du siehst viele Tempel in Kyoto und in Nara die Buddhafigur, die Vorbild war für die etwas kleinere in Kamakura.
Ich habe in Matsumoto noch nicht in einem Ryokan übernachtet, kann Dir deshalb keine Empfehlung geben.
Viel Spass noch wünscht
Odaiba